西九龙站的主要设施均设于地底，站内设四层地下楼层，设施包括海关、出入境及检疫设施、离港乘客候车区、旅客抵港和离港大堂、停车场、上落客处及卸货区等。
根据全国人大批准的《内地与香港特别行政区关于在广深港高铁西九龙站设立口岸实施“一地两检”的合作安排》，旅客只需在香港西九龙车站采用“一地两检”方式办理出入境，在站内设置“内地口岸区”和“香港口岸区”，过关时间大大节省。
